首先我们必须下载我们将要操作的蛋白结构文件。在这个教程里，我们将用T4溶菌酶L99A/M102Q（PDB编号3HTB）。去RCSB网站下载蛋白晶体结构的PDB文件。

(资料图片)

结构下载好了以后，你可以用如VMD, Chimera, PyMOL等软件可视化蛋白结构。观察整个结构，你应当从中剔除结晶水, PO4, 以及BME。（注：用文本编辑器如vscode删除就行）（请注意这一步骤并不是完全通用，比如结合在活性位点的水分子是否应当剔除）。在此例中，我们不需要结晶水或其他分子，它们只是作为结晶时的溶剂。我们应当注意这个名称为“JZ4”的配体，即2-丙基苯酚。

原作者有初处理好的.pdb文件以供核对。现在的问题是JZ4这个配体不能被GROMACS提供的任何力场识别，所以如果用pdb2gmx的话会报错。只有力场的.rtp文件（residue topology）列出的残基才能由pdb2gmx自动地生成拓扑。 所以在这种情况下，我们要通过两个步骤准备我们整个体系的拓扑。

1. 用pdb2gmx准备蛋白的拓扑

2. 用其他工具准备配体的拓扑

将初处理好的.pdb文件分成蛋白和JZ4配体两个文件。保存JZ4配体的.pdb文件用命令(Linux及MacOS一般自带的命令，Windows中用文本编辑器将包含配体坐标的行单独保存成一个文件)

从初处理好的.pdb文件中删除包含JZ4的行，此时准备蛋白拓扑就轻而易举了。在这个教程里我们将要使用的力场是CHARMM36，从MacKerell实验室网站获取。下载最新的CHARMM36力场压缩包（注：当前最新版为charmm36-jul2021.ff.tgz）和“cgenff_charmm2gmx.py”转换脚本备用。注意要下载和你安装的Python版本相符合的转换脚本。

在你的工作目录下解压力场压缩包：（Linux及MacOS自带的tar命令，windows下用解压软件如7-zip解压）

解压完成后你的工作目录中应该会出现"tar -zxvf charmm36-mar2019.ff"子文件夹。用pdb2gmx为T4溶菌酶生成拓扑：

结构将被pdb2gmx处理，你将被提示选择一种力场：

在此教程中，选择CHARMM36力场（选项1），在“从当前目录”列表的第一个。

选择CHARMM默认的水模型

输入1，回车。

成功！